l’organisme français qualifié de recherche pour le développement des plantes à parfum, médicinales et aromatiques

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GENOLAVANDE - à retenir

   

GENOLAVANDE

 

Développement d'outils génomiques permettant la caractérisation et la sélection des variétés de lavande.

   

 CASDAR « Semences et Sélection Variétale »

Date : 2018 / 2020

 

Mots clés

Lavande, création variétale, génomique, marqueurs

 

Chef de projet

iteipmai, Institut Technique Interprofessionnel des Plantes à Parfum, Médicinales et Aromatiques

 

Coordination

iteipmai

 

Contacts

Guillaume Frémondière (iteipmai)

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Benjamin Lemaire (iteipmai)

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LE PROJET

 

Contexte

L’iteipmai travaille depuis de nombreuses années sur la création variétale lavande avec des succès en terme de rendement et de qualité car les 3 variétés populations iteipmai Rapido, Carla et Saralia (en début de développement) représentent environ la moitié des surfaces lavandes et la totalité des surfaces de Lavande population. Bien que les géniteurs de ces variétés synthétiques aient été choisis pour leur apparente tolérance au Stolbur, elles ne répondent pas encore aux exigences de la production. Le dépérissement reste un problème complexe à travailler sur le plan génétique, il manque des outils pour développer des variétés innovantes et résistantes.

Pour cette raison, l’iteipmai a lancé le programme Génoparfum (CASDAR RT, lauréat 2015) en collaboration avec l’INRA EPGV, le CRIEPPAM et Végépolys. Ce programme a permis de séquencer les parties codantes du génome (Unigene puis Genespace) des lavandes Maillette et Diva et du lavandin Grosso et d’identifier plus de 30 000 SNP sur 8 000 gènes dont la fonction codante a été validée par comparaison avec des bases de données mondiales. Ces données ont ensuite été utilisées pour séquencer les ADN d’une collection de lavandes .

Afin de valoriser ce programme et dans le but d’identifier les gènes intervenant dans la tolérance au Stolbur, il est nécessaire de prolonger ce travail sur les outils moléculaires.

 

Objectifs

  • Identifier, par une étude de génétique d’association, des variations du génome de la lavande, impliquées dans la variation de caractères d’intérêt pour à terme optimiser et raisonner les schémas de sélection chez la lavande.
  • Mettre en place de nouveaux outils clés pour construire de nouveaux schémas de sélection (carte génétique, maitrise du croisement contrôlé par castration et pollinisation manuelle)

Moyens :

  • Caractérisation d’une collection de population de lavande représentative de la diversité de l’espèce et recherche d’associations phénotype / génotype

-          Création d’une collection d’étude

-          Clonage de la collection d’étude

-          Phénotypage de la collection d’étude « adulte »

-          Phénotypage des collections d’étude « jeunes »

-          Génotypage de la collection d’étude sur la base de marqueurs SNP pour l’analyse de la structuration génétique et les études de génétique d’association dans cette collection

-          Etude d’association par une approche gène candidat pour l’identification de gènes impliqués dans les caractères d’intérêt majeur pour la lavandiculture

  • Développement d’outils méthodologiques permettant de favoriser la caractérisation et l’exploitation de la variabilité génétique de l’espèce lavande

-          Etablissement d’une carte génétique du génome de la lavande

-          Mise au point d’une méthode de croisement contrôlé de la lavande

 

Résultats:

  • Développer un catalogue de marqueurs moléculaires SNP (Single Nucleotide Polymorphism) associés aux 3 principaux caractères d’intérêt
  • Disposer d’une carte génétique « lavande » de référence et d’une procédure pour diriger le croisement entre 2 géniteurs
  • Mettre en place de nouveaux schémas de création variétale
       
 

DOCUMENTS A TELECHARGER